Kafka Tamura, un jeune Tokyoïte de quinze ans, s’enfuit de chez lui pour échapper à la malédiction œdipienne que son père a prononcée contre lui. Il traverse le Japon pour rejoindre la petite île de Shikoku. Une nuit, le jeune garçon se réveille au milieu d’un bois, couvert d’un sang qui n’est pas le sien.